消毒过程是市政污水处理的最后一个环节，其处理效果直接影响到出水水质，消毒效果不好会导致微生物含量超标，致使大量致病菌排放到环境中去，严重威胁下游用水安全和环境生态系统的稳定。在夏季高温期，微生物生长旺盛，繁殖较快 ，微生物超标排放问题尤其严重，这一问题已经引起人们越来越多的关注。二氧化氯消毒作为一种新型的消毒工艺，以其高效、经济、安全的特点被人们所接受。
二氧化氯是目前国际上公认的最新一代的高效、广谱、安全的杀菌、保鲜剂，是氯制剂最理想的替代品，在世界发达国家已得到广泛的应用。世界卫生组织WHO及联合国粮食农业机构FAO一起组成的食品添加物专家委员会JECFA对该产品的安全性进行了评审，其安全等级ADI（人体摄取容许基准）为A1级消毒剂（即便被食用也很安全），是消毒技术中唯一获此认证者。
世界卫生组织（WHO）和美国环境组织（EPA）、中国卫生部等，公认二氧化氯为新时代绿色消毒剂，具有无三效（无致癌、无致畸、无致突变性），有三效（广谱、高效、快速）和除臭、保鲜、除藻、漂白的奇特功能，已编入卫生法规进行使用。
经过研究可得：
1、利用二氧化氯对该污水厂的二级出水进行消毒，其效果很好，药剂投加量在时，对大肠杆菌灭活效果达100%，对水体细菌总数灭活效果在99.75%以上，达到排放标准；
2、消毒过程受pH值影响不大 , 在6~7之间时其杀菌效果最好。消毒过程受温度影响主要表现在反应速率上，温度的升高可以加快微生物的灭活速率。
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